No soy muy organizado a la hora de crear esquemas de bases de datos, porque siempre he confiado en mi memoria y apuntes sobre el código y hasta ahora no he tenido problemas con ello. Pero que pasa si por ejemplo tienes que trabajar con un proyecto de más de 200 tablas -que tu no diseñaste, tan sólo por el número- y no tienes la mínima idea de como se organiza... bueno, lo ideal es que quien desarrolló dicha aplicación te entregase un diccionario de datos, modelos E/R, etc.
Si no, pues a mano ir organizando tus tablas y demás. Una opción claro es ir apuntando a mano cada tabla, sus índices y las relaciones que hay entre una tabla y más, otra es utilizar algún software para ello. En mi caso probé dos opciones y las dos me gustan: yED para propósito general, permite generar diseños para organización de personas, de redes, UML, etcétera, etcétera.
Es una gran aplicación, aunque como dije arriba, es para propósito general.
El otro programa es MySQLWorkbench, que específicamente está creado para crear modelos de base de datos. Te permite inclusive ir formando hojas de impresión, lo cual es una gran ayuda. Vas creando tus tablas y sus índices, luego las relaciones entre ellos, así que no tendrías porque ir haciendo anotaciones fuera del esquema mismo, además luego puedes reproducirlo hacia un archivo SQL por ejemplo, para crear un esquema real.
Para mis necesidades, los dos programas cumplen perfectamente con su cometido, además debo decir que las dos opciones son gratuitas. Los dos programas tienen versiones para OS X, Windows y Linux, además en el caso de yED se puede exportar a visores de HTML.
Gracias a @jsot y @sbernesto por sus recomendaciones.
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