Desde que recuerdo cuando he tenido que utilizar el sistema operativo Windows como escritorio, siempre he utilizado PuTTY. Es rápido y funcional, el archivo sólo ocupa unos cuantos KB y para una conexión rápida es lo más adecuado, inclusive cuando estás en otra estación de trabajo que no es la tuya y si requieres un cliente SSH, es lo más rápido.
Sin embargo, cuando requieres utilizar varias ventanas y utilizar distintas llaves RSA o DSA para conectarte a servidores, es cuando requieres un poco más. Esto es en Windows, porque en macOS o Linux simplemente utilizas el cliente SSH de la consola y listo. Bueno, aquí en Windows 10 me recomendaron utilizar XShell y la verdad es que no decepciona.
Permite importar llaves que ya tengas y puedes configurar cada servidor a como te interese, además de ejecutar scripts de inicio y muchas más cosas... aunque es un software de pago, se puede utilizar de forma gratuita. Tiene una interfaz muy eficiente y tiene bastantes temas pre cargados para la interfaz con las terminales a las que te conectas, así que no extrañarás mucho la línea de comandos... en Windows.
De esta liga puedes descargar la aplicación - Página de XShell